Στην Αινειάδα, ο Βιργίλιος βάζει τον Λαοκόοντα να λέει: Equo ne credite, Teucri / Quidquid id est, timeo Danaos et dona ferentes, δηλαδή «Μην εμπιστεύεστε το άλογο, Τρώες. / Οτιδήποτε κι αν είναι, φοβάμαι τους Έλληνες ακόμα κι όταν φέρνουν δώρα». Από αυτούς τους στίχους έχει γίνει διάσημη και παροιμιώδης η φράση "timeo Danaos et dona ferentes", και στα ελληνικά: «Φοβού τους Δαναούς και δώρα φέροντας».
Οι Τρώες όμως αψήφησαν τη συμβουλή του Λαοκόοντα, ξεγελασμένοι από τον Σίνωνα. Οργισμένος τότε ο Λαοκόων πέταξε το ακόντιό του στο ξύλινο άλογο. Εκείνη την ώρα ο θεός Ποσειδώνας, επειδή υποστήριζε τους Έλληνες, έστειλε δύο θαλάσσια φίδια και έπνιξαν τον Λαοκόοντα και τους γιούς του, Αντίφα (ή Αντιφάντη) και Θυμβραίο, είτε όρμησαν εναντίον των γιων του και ο Λαοκόων έτρεξε να τους βοηθήσει και σκοτώθηκε και αυτός. Εδώ ωστόσο πρέπει να σημειωθεί ότι, μετά την αποβίβαση των Ελλήνων στην Τροία, οι Τρώες είχαν λιθοβολήσει τον ιερέα τους του Ποσειδώνα γιατί δεν είχε αποτρέψει με θυσίες την εισβολή. Νομίζοντας τώρα ότι οι Έλληνες είχαν φύγει, οι Τρώες αποφάσισαν να θυσιάσουν στον θεό της θάλασσας για να καταστρέψει τα πλοία τους. Μη διαθέτοντας πια ιερέα του Ποσειδώνα, ανέθεσαν στον Λαοκόοντα, ιερέα ενός άλλου θεού, να θυσιάσει στον Ποσειδώνα. Αυτό προσέθεσε στην ασέβεια προς τον Απόλλωνα, η οποία αναφέρθηκε στην αρχή του άρθρου. Στην πραγματικότητα επομένως, ο Λαοκόων τιμωρήθηκε μάλλον από τον Απόλλωνα και για άλλους λόγους. Αλλά η άτυχη χρονική συγκυρία προκάλεσε την παρερμηνεία του θανάτου του από τους Τρώες ως τιμωρία επειδή είχε κτυπήσει τον Δούρειο Ίππο, με αποτέλεσμα τη μεταφορά του ξύλινου αλόγου στην πόλη, με καταστροφικές συνέπειες. Κατά τον βυζαντινό ανθολόγο Ιωάννη Τζέτζη, η θανάτωση του Λαοκόοντα και των γιων του έγινε μέσα στον ναό του Θυμβραίου Απόλλωνος, ενώ σύμφωνα με λιγότερο αποδεκτή παράδοση, ο πατέρας διασώθηκε και θρήνησε τα παιδιά του. Τα φίδια στη συνέχεια μπήκαν στον ναό της ακρόπολης της Τροίας και κουλουριάστηκαν στα πόδια του αγάλματος της Αθηνάς. Η παράδοση μνημονεύει ακόμη και τα ονόματα των δύο φιδιών: λέγονταν Όρκις (ή Πόρκις) και Χαρίβοια, και ήρθαν στην Τροία κολυμπώντας από τις Καλυδνές νήσους.
«Ο Λαοκόων, θυσιάζοντας φαινομενικά ένα ταύρο για λογαριασμό της Τροίας, γίνεται ο ίδιος το θύμα θυσίας... ...Κατά μία έννοια, ο θάνατός του πρέπει να συμβολίζει τον θάνατο της ίδιας της πόλεως».
Το επεισόδιο του θανάτου του Λαοκόoντος απετέλεσε το θέμα της χαμένης τραγωδίας του Σοφοκλέους Λαοκόων. Επίσης, παριστάνεται σε περίφημο μεγάλο μαρμάρινο γλυπτό με τίτλο Ο Λαοκόων και οι γιοί του, (αποδιδόμενο στους Ρόδιους γλύπτες Αγήσανδρο, Αθηνόδωρο και Πολύδωρο), που βρίσκεται στα Μουσεία Βατικανού.
Ακόμα, από τον Λαοκόοντα πήρε το όνομά του ο αστεροειδής 3240 Λαοκόων (3240 Laocoon), μέλος της Τρωικής Ομάδας, που ανακαλύφθηκε το 1978.
